In situ sekvensering är en metod som kan användas för att lokalisera differentiellt uttryck av mRNA direkt i vävnadssnitt, vilket kan ge viktiga ledtrådar om många sjukdomstillstånd. Idag förloras många av sekvenserna från in situ sekvensering på grund av det kvalitetsmått man använder för att säkerställa att sekvenser är korrekta. Det finns troligtvis möjlighet att förbättra prestandan av den nuvarande base calling-metoden eftersom att metoden är i ett tidigt utvecklingsskede. Vi har genomfört explorativ dataanalys för att undersöka förekomst av systematiska fel och korrigerat för dessa med hjälp av statistiska metoder. Vi har framförallt undersökt tre metoder för att korrigera för systematiska fel:I) Korrektion av överblödning som sker på grund avöverlappande emissionsspektra mellan fluorescenta prober.II) En sannolikhetsbaserad tolkningav intensitetsdata som resulterar i ett nytt kvalitetsmått och en alternativ klassificerare baseradpå övervakad inlärning.III) En utredning om förekomst av cykelberoende effekter, exempelvisofullständig dehybridisering av fluorescenta prober.Vi föreslår att man gör följande saker:Implementerar och utvärderar det sannolikhetsbaserade kvalitetsmåttetUtvecklar och implementerar den föreslagna klassificerarenGenomför ytterligare experiment för att påvisa eller bestrida förekomst av ofullständigdehybridisering.

Kognitiva modeller har föreslagit selektiv uppmärksamhet som en bidragande faktor till vidmakthållande av insomni. I denna studie tillämpades Dot-probe task inom ett experiment i syfte att undersöka huruvida graden av selektiv uppmärksamhet skiljer individer med insomni från en matchad grupp individer med normal sömn och hur en sådan selektiv uppmärksamhet i så fall är beskaffad. Även selektiv uppmärksamhet i relation till ångest och depression undersöktes. Resultaten visar på en signifikant skillnad mellan grupperna avseende selektiv uppmärksamhet samt att skillnaden inte kan förklaras av ångest och depression. Resultaten visar specifikt att den selektiva uppmärksamheten utgörs av svårigheter att avbryta fokus mot hot, snarare än en högre känslighet för upptäckande av hot.

Bilder av potentiella hot upptäcks snabbt och leder till en snabbare reaktionstid än bilder av icke-potentiella hot. Potentiella hot stjäl också fokus och kognitiva resurser, med en långsammare reaktionstid som följd. Rädsla, som kan mätas genom startlereflexen, leder till antingen ökad handlingsberedskap (snabbare reaktionstid) eller kognitiv distraktion (långsammare reaktionstid). Fem försöksdeltagare fick reagera på en visuell probe som lades ovanpå djurbilder, både potentiella hot och icke-potentiella hot i ett kombinerat reaktionstids- och startleprobeexperiment, där ljudstötar utdelades i hörlurar. Startlereaktion, hjärtfrekvens och reaktionstid mättes, varefter korrelationskoefficienter räknades ut.

Bilder av potentiella hot upptäcks snabbt och leder till en snabbare reaktionstid än bilder av icke-potentiella hot. Potentiella hot stjäl också fokus och kognitiva resurser, med en långsammare reaktionstid som följd. Rädsla, som kan mätas genom startlereflexen, leder till antingen ökad handlingsberedskap (snabbare reaktionstid) eller kognitiv distraktion (långsammare reaktionstid). Fem försöksdeltagare fick reagera på en visuell probe som lades ovanpå djurbilder, både potentiella hot och icke-potentiella hot i ett kombinerat reaktionstids- och startleprobeexperiment, där ljudstötar utdelades i hörlurar. Startlereaktion, hjärtfrekvens och reaktionstid mättes, varefter korrelationskoefficienter räknades ut.

Rotavirus and coronavirus are the two most common viral causes of neonatal calf diarrhea and their presence causes a lot of economic damage to the farmers as well as suffering to the animal. By getting better knowledge about the viruses we may help in tracing transmission and in producing new vaccines. This paper served to study the molecular epidemiology of rotavirus and coronavirus in fecal samples collected from two different farms in the state of São Paulo, Brazil. These samples have been studied with focus on the gene VP4, VP7, NSP4 in rotavirus and the gene S1 in coronavirus. From the first farm the screening PCR showed that 12/48 samples were positive for rotavirus and 4/48 positive for coronavirus.

Traumatic arthritis is a common cause of lameness in horses. One of different treatment alternatives of arthritis, is intra-articular injection with hyaluronan. As knowledge about pathophysiology of arthritis and function of hyaluronan is increasing, understanding grows about the mechanism of hyaluronan action in joints. Hyaluronan has, in addition to effects on viscosity, anti-inflammatory and analgesic effects. Extensive research and scientific studies have been made on exogenous hyaluronan.

För att uppfylla kraven på kvalitetssäkring samt evidensbaserad praktik måste hörapparatanpassning utvärderas objektivt. Syftet med studien är att redovisa nya forskningsresultat gällande objektiv utvärdering av hörapparater med hjälp av hörselgångsmätning, samt att beskriva en modern, evidensbaserad och kliniskt användbar metod för de vanligaste typerna av elektro-akustiska hörapparater med olika typer av insats. Studien består av en allmän litteraturstudie som beskriver tidigare rekommendationer samt en systematisk litteraturstudie där nya rön gällande metodiken vid hörselgångsmätning presenteras. Utifrån hörselgångsmätningens olika delmoment undersöker studien vilka konsekvenser de nya rönen har för utförandet vid hörselgångsmätning. I slutsatsen presenteras en metod för objektiv utvärdering av moderna hörapparater..

Syftet var att undersöka om exponering inför emotionella röster påverkar muskelanspänning och hjärtats slagfrekvens samt om det finns en samvariation mellan storlek eller längd på muskelanspänning vid aversiv emotionell input och grad av alexitymi. 24 studenter lyssnade på arga, glada och neutrala röster samtidigt som muskelanspänning mättes med EMG och hjärtats slagfrekvens med EKG. Grad av alexitymi mättes med Toronto Alexithymia Scale 20. Resultaten visade att arg eller glad röststimuli gav större muskelanspänningen än neutralröststimuli. Ingen skillnad i muskelanspänning fanns mellan arg eller glad röst.

This master thesis is the documented work of the construction process and testing of a three hour laboratory session in mathematics aimed at high school level students. The purpose of the thesis was to create an interesting laboratory session for the science education center ?The House of Science? that could be used as a part of their regular program directed to schools. The thesis explores the possibilities for how one can construct a laboratory session on the topic ?molecular symmetry? as well as the underlying pedagogical theories used to describe learning processes in creative contexts.

The aim of this thesis is a comparative study of Djuna Barnes' 1928 book Ladies Almanack and turn of the century sexological texts focusing on Havelock Ellis' studies of 'sexual inversion in women'. The study is based on queer theory concepts from Judith Butler and Fanny Ambjörnson as well as Michel Foucault's studies of the history of sexuality. After a presentation of the theoretical concepts and a short introduction of earlier research on Barnes' works my reading and conclusions are presented in five chapters focusing on different theoretical and thematic aspects of the studied texts. A recapitulation and discussion ends the thesis.In short, my conclusions are that Ladies Almanack contrary to earlier research can be read as a queer text, and a form of counter-discourse to the general one regarding lesbianism in the early 1900's. The text also reveals itself as a pointed critique and a satire of Havelock Ellis' writings on 'sexual inversion in women'.

The purpose with this report was to compare three commonly occurring methods for measuring plant available nitrogen in soils. The methods extraction, incubation and Plant root simulator (PRS) probe - an ion exchange membrane (Western Ag Innovations, Inc., Saskatoon, Canada) method were used and comparison between these methods were conducted. A full factorial experiment were set up in northern Finland with the treatments excluding herbivores, warming and fertilization to see how the inorganic nitrogen content in the soil was effected by the treatments. Soil cores were taken and from them a subsample was incubated for 18 days and thereafter analyzed for inorganic N in laboratory. PRS- probes were in the ground for 1 month.

SammanfattningSyftet med den här studien var att utveckla och optimera FISH (Fluorescense In Situ Hybridisation) tekniken som en snabb och ganska billig metod för detektion av laktobaciller. Det vill säga att kunna på objektsglas använda FISH tekniken för att identifiera laktobaciller på artnivå med fluorescensmärkta prober mot 16S och 23S RNA. FISH är en allmän och användbar metod för att detektera och lokalisera mikroorganismer eller en specifik grupp av mikroorganismer i provet (1). Metoden detekterar DNA- eller RNA- sekvenser med hjälp av fluorescensmärkta prober som hybridiseras specifikt med komplementära målsekvenser i intakta celler (2). Detta innebär att man behåller cellmorfologin och tillför en lättdetekterad fluorescerande färg.

The main objective of this study is to divide a number of colorectal cancer cases into subgroups based on their molecular features using cluster analysis. The data used is supplied by a research group at Pathology, the Department of Medical Biosciences, Umeå University, and consists, after some preparation, of 455 observations which is a larger data set than many similar studies. The molecular variables that the clustering is based on are CIMP (CpG Island Methylator Phenotype), MSI (Micro Satellite Instability), BRAF- and KRAS-mutations. These are categorical variables and consequently the clustering method used is PAM (Partitioning Around Medoids) which is particularly useful with data on diverse variable level. The final analysis results in four subgroups that are represented by different combinations of attributes on the aforementioned variables.

Studiens syfte var att se om känslan glädje leder till att man uppmärksammar en viss typ av information i större utsträckning än annan. I detta fall för positivt belönande ord respektive positivt icke belönande ord. Denna studie är en replikering av Tamir & Robinsons (2007) studie som fick belägg för detta. Deltagarna delades in i två grupper där experimentgruppen som bestod av 9 deltagare fick i uppgift att skriva ner en händelse som gjort och fortfarande gör dem glada för att väcka ett tillstånd av glädje. Kontrollgruppen som bestod av 10 deltagare fick istället i uppgift att minnas och skriva ner hur deras sovrum ser ut för att hamna i ett neutralt tillstånd.

The main objective of this study is to divide a number of colorectal cancer cases into subgroups based on their molecular features using cluster analysis. The data used is supplied by a research group at Pathology, the Department of Medical Biosciences, Umeå University, and consists, after some preparation, of 455 observations which is a larger data set than many similar studies. The molecular variables that the clustering is based on are CIMP (CpG Island Methylator Phenotype), MSI (Micro Satellite Instability), BRAF- and KRAS-mutations. These are categorical variables and consequently the clustering method used is PAM (Partitioning Around Medoids) which is particularly useful with data on diverse variable level. The final analysis results in four subgroups that are represented by different combinations of attributes on the aforementioned variables.